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Bei der Kleinunternehmerpauschalierung in der Einkommensteuer ist es wegen der Anhebung der umsatzsteuerlichen Kleinunternehmergrenze auf 55.000 € (brutto) ab 2025 zu Anpassungen gekommen. Zuvor waren die 35.000 € (netto) plus Überschreitungsbetrag von 5.000 € aus der Umsatzsteuer für die einkommensteuerliche Kleinunternehmerpauschalierung maßgeblich. Sobald die neue umsatzsteuerliche Kleinunternehmergrenze inklusive Berücksichtigung der Toleranzgrenze von 10 % - dies ergibt 60.500 € - überschritten wird, ist die Kleinunternehmerpauschalierung in der Einkommensteuer jedoch für das ganze Jahr nicht anwendbar. Bei Anwendung der einkommensteuerlichen Kleinunternehmerpauschalierung wurden die Höchstbeträge für die pauschalen Betriebsausgaben von 18.900 € auf 24.750 € bzw. bei Dienstleistungsbetrieben von 8.400 € auf 11.000 € angehoben.

Weitreichende Änderungen hat es bekanntermaßen auch bei der umsatzsteuerlichen Kleinunternehmerregelung gegeben. Für inländische (Klein)Unternehmer, die ab 1.1.2025 die Kleinunternehmerbefreiung in einem anderen Mitgliedstaat in Anspruch nehmen wollen, muss der Antrag auf Befreiung über das eigens beim BMF eingerichtete Portal gestellt werden. Darüber hinaus müssen diverse Meldeverpflichtungen (quartalsweise Meldung von Umsätzen, Meldung bei Überschreiten des unionsrechtlichen Schwellenwertes, etc.) berücksichtigt werden. Seit Anfang Jänner 2025 steht das Verfahren zur Beantragung der Kleinunternehmerregelung in anderen EU-Mitgliedstaaten in FinanzOnline zur Verfügung (über "Externe Verfahren/Links" im Dashboard auf der Hauptseite). Steht dem Unternehmen nach Überprüfung der relevanten Daten die Befreiung zu, so hat Österreich dem Unternehmen eine so genannte "Kleinunternehmer-Identifikationsnummer" (KU-ID) mit dem Suffix "-EX" zu erteilen.

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